Pesantren sebagai pusat kegiatan pembangunan sumber daya santri memiliki peran strategis dalam menopang program-program kemasyarakatan sekaligus sebagai media penempaan dan pengembangan jati diri.
Dalam lingkup ini pesantren menekankan kegiatannya di bidang :
a. Peningkatan kualitas pengajaran
Proses pembelajaran dititik beratkan pada perluasan wawasan dan pemahaman santri tentang nilai-nilai keagamaan sampai pada tingkat pengamalan. Frekwensi kegiatan forum kajian menjadi lebih padat.
Sumber kajian yang digunakan sebagai rujukan kurikulum pesantren diambilkan dari kitab-kitab yang telah diterjemahkan (sarah).
Hal ini berdasarkan prinsip bahwa tugas seorang santri mempelajari ilmu agama adalah mengamalkan apa yang didapat di pesantren selanjutnya menyebarkannya kepada umat yang membutuhkan. Tidak harus menetap di Pesantren dalam waktu lama hanya untuk sekedar belajar membaca sebuah kitab.
b. Kaderisasi Tenaga Penyayang Umat (TPU)
Setiap santri dikader menjadi Tenaga Penyayang Umat (TPU). Sebuah wadah bagi penggemblengan santri yang “siap pakai” terutama keberpihakannya dalam melakukan pendampingan terhadap “kaum ardzalun” seperti: kaum ibu, anak dan lanjut usia rentan, korban ketidakadilan, kelompok tani hutan, komunitas miskin nelayan, suku terasing, masyarakat transmigran, urban perkotaan yang terpinggirkan dll.
Melalui pendampingan kader TPU, diharapkan tumbuh manusia-manusia beragama yang qoulan wa’ amalan, bukan generasi yang hanya banyak ucapan tanpa amalan (BUTA).
c. Teknologi Informasi Dakwah (TEKINDA)
Pesantren yang sarat dengan berbagai jenis kegiatan membutuhkan media yang dapat merekam satu proses kegiatan sekaligus sarana komunikansi, baik untuk internal maupun untuk masyarakat luas. Pesantren juga memiliki amanah menyebarkan dakwah kebaikan kepada masyarakat. Maka melalui TEKINDA, kegiatan seputar kepesantrenan SPMAA disebarkan sebagai sarana dakwah sekaligus saluran komunikasi publik.
d. Belajar Bersama Masyarakat (BBM)
Setiap libur jadwal pengajaran, para santri diikutkan program belajar bersama masyarakat atau disingkat BBM. Kegiatan ini mengajari para santri mengenali budaya dan kehidupan masyarakat secara riil. Selama dua minggu live in, para santri diberi kesempatan menggali praktik-praktik terbaik “sosiologi” dari keluarga atau komunitas yang ditempati.
Dengan model pembelaran seperti ini, santri memiliki pengalaman empiris yang berguna saat mereka kembali ke masyarakatnya setelah menempuh pembelajaran di pesantren.
e. Pendidikan Multi Kultur Memanusiakan Manusia
Santri di Ponpes SPMAA terdiri dari beragam latar masyarakat lintas budaya, mulai dari usia bayi hingga lanjut usia.
Pada prinsipnya, Ponpes SPMAA tidak pernah menolak siapapun yang datang ingin belajar atau sekadar singgah di pesantren. Sehingga tamu yang berkunjung atau hidup belajar di Ponpes SPMAA bisa dari mana saja. Lintas suku, bangsa, agama, dan negara.
Sering tamu dari luar negeri yang ingin bermujadalah atau sekadar belajar Islam, nyantri beberapa hari di pesantren.
Dengan fakta ini, pembelajaran di pesantren dikayakan dengan berbagai karakter manusia yang berbeda-beda. Para santri juga memperoleh wawasan sekaligus praktik pendidikan multikultur yang memungkinkan interaksi ukhuwah insaniah dan ikhuwah wathaniyah diantara sesama anak cucu Adam Ibu Hawa.
Tidak ada kata alumni di Ponpes SPMAA. Karena proses belajar ditempuh selama hayat di kandung jasad. Hal ini menganut pola long life learning yang diteladani para Nabi. Sehingga santri Ponpes SPMAA baru bisa disebut lulus atau alumni jika mampu melaksanakan dan menyebarakan ajaran agama Allah yang diperolehnya hingga wafat menjemputnya.